根据教育部的规定，全国仅部分重点高校能够尝试自主招生。就目前试点“三位一体”的高校来看，多数没有开展自主招生。至于北大、浙大等同时实施自主招生和“三位一体”的985高校，两者也不会冲突。
自主招生目标主要针对有学科特长的学生，尤其是学科竞赛获奖选手，招生时给予一定的分数优惠，可降分录取：“三位一体”则更看重学生的综合素质，根据综合评价的成绩择优录取。有部分学校还允许两者兼报，今年就有学生同时报考了北大的自主招生和“三位一体”，结果被“三位一体”提前录取了，自主招生的分数优惠没用上。
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