培养方案决定着考生进入高校后将受到怎样的教育，是整个强基计划的核心环节，强基计划各院校甚至各专业都有自身的培养方案，但基本上都有三个特点：“优质的教学资源”“动态进出”“本硕博衔接培养”。
优质的教学资源
强基计划的教学资源是绝对优质的，这36所强基院校本就是我国最好的一批院校，在教学资源上本就处于优势地位，强基班所享受的教学资源又是全校最好的。
小班制：每个强基班大概有30人左右，甚至在教学中，一个强基班会继续拆分教学，每个学生都能享受到关注，问题可以更高效地解决，学习效率和质量也都更高。
导师制：为每名学生配备导师，精确教学。例如北京大学“安排院士、讲席教授、杰青等顶尖学者担任导师、班主任，为学生授课，实施‘1+X’导师制，为每名学生配备一名专业导师和多名跨学科导师”
更多的科研机会：强基生可以更多地参与科研，并拥有更多地科研资源，接受完整的科研训练，在各种国际交流活动中也更有竞争力。
动态进出
并不是被强基计划录取就万事大吉，强基班会定期进行考核和分流，考核不达标的应退出强基计划，转入普通班继续学习；同样普通班中素质优异的，也可进入强基班，进入强基计划。
本硕博衔接培养
这也是强基计划最吸引人的地方，免了残酷的考研竞争，一路直博，而且很多院校还会缩短本硕博在读时间，人家读10年，强基生可能8年就毕业了。
如北京大学数学类专业启动了“3+X”计划，“本科生可在大三结束后申请提前进入衔接研究生的学习阶段，完成本研过渡，为攻读相关专业的硕士研究生或直博生打好基础。”中山大学基础医学专业符合要求的强基生也可以“直播”读完本科，直接博士。
