根据招生计划，2016年南科大继续扩大在全国的招生范围，将在全国22个省（区、市）招生，比去年增加一个省份。2016年在皖自主招生计划65人，与2015年招生计划持平。
在报名条件上，南科大也更注重“德智体全面发展”、“学科知识扎实”以及“创新潜质突出”和“综合素质较高”的优秀理科高中毕业生。今年12月15日到明年的4月30日间，符合条件的高考生可采用中学推荐或自我推荐两种方式报名。
自荐的高考生可网上填写《学生报名申请表》；校荐学生提交《学校推荐表》，由所在中学核实并加盖公章（自荐学生不需提供）。不可缺少的是，两种报名方式都要求考生本人撰写个人陈述一份，包括个人简历、兴趣爱好以及理想等。
从南科大2012年“去筹转正”至今，每一年，在皖招生录取的计划都在增加。根据南科大安徽招生组的统计，2015年，该校在我省的招生计划是65人，最终录取总人数达72人，也是历年最高。
受高校自主招生考试改革影响，2015年开始，包括北大、清华、南科大等高校自主招生的测试时间均“挪到”高考后进行。
南科大安徽招生组相关负责人介绍说，为了“不打扰”高考生备考，明年的自主招生测试时间也将在高考后进行。和前两年一样，将继续采用基于高考的综合评价录取模式，建立学生“高考成绩、高中学业成绩和高校自主能力测试成绩”三位一体的综合评价体系，探索建立科学的人才评价和人才选拔机制。具体为，按考生综合成绩（高考成绩占综合成绩的60%，高中学业水平考试成绩占10%，学校组织的能力测试成绩占30%）择优录取。
取得综合评价录取资格的考生，高考成绩须达到本科一批录取最低控制分数线。凡参加该校自主选拔的考生，须在高考志愿提前批次（自主招生）填报南科大。
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